本发明公开了一种M6模式敌我识别装备综合测试系统，包括综合测试装置和上位机，综合测试装置包括控制单元、编译码单元、数据采集单元和比对检测单元；上位机用于确定用户选择的国别信息、测试状态以及根据测试状态生成测试密钥；控制单元用于从上位机加载国别信息、测试状态和测试密钥；数据采集单元用于采样被测设备的TTL信号，获取被测设备的技术参数；编译码单元用于根据被测设备的技术参数、测试状态和国别信息利用测试密钥进行询问测试编码或应答测试编码，生成询问测试编码信号或应答测试编码信号发送给被测设备，以及对编码信息进行译码生成译码信号，同时生成标准信号。本发明能够对不同国家的M6模式敌我识别设备进行兼容测试。