本申请实施例提供了一种应用于信号同步系统的方法、系统、触控笔和电子设备，系统包括触控笔和电子设备，电子设备支持第一刷新率和第二刷新率，该方法包括：电子设备与触控笔无线连接后，电子设备基于第三刷新率采样来自触控笔的下行信号，第三刷新率等于第一刷新率或第二刷新率；触控笔基于第三刷新率向电子设备发送下行信号，且以第四刷新率采样来自电子设备的上行信号，第四刷新率为第一刷新率和第二刷新率的最小公倍数。本申请实施例中，触控笔与电子设备连接后，可以以电子设备支持的所有的刷新率的最小公倍数监听来自电子设备的上行信号，进而可以及时检测到电子设备切换刷新率，时延小且效率高。