本发明涉及一种毛细管通道制备装置，包括第二反射镜、第三反射镜、偏振片、扩束系统、光束方向调节系统、分束片、可移动凸透镜、二维电动平行台和激光振荡器，激光振荡器产生的飞秒激光依次经过第二反射镜第三反射镜、偏振片、扩束系统、光束方向调节系统、分束片、可移动凸透镜射入二维电动平行台上的刻蚀样品表面，其中刻蚀样品跟随二维电动平行台共同移动，可移动凸透镜调节自身位置，使得可移动凸透镜的焦点始终位于刻蚀样品的表面，实现对样品材料不同深度刻蚀，从而制备变径、交汇和弯曲的毛细管道。