本发明提供了一种流域生态敏感性的评价方法，由陆生生态敏感目标识别与评价体系和水生生态敏感目标识别与评价体系两部分组成，具体来说陆生生态敏感性评价体系包括基于保护目标的敏感性分析、基于GIS空间分析的生态敏感性评价及生态敏感目标识别和基于生态安全的生态敏感性评价及生态敏感目标识别；水生生态敏感性评价包括流域中鱼类敏感目标的识别、鱼类敏感指标体系的构建、鱼类敏感性综合评价系数的计算和鱼类敏感性等级的划分。本发明所述评价方法从保护目标、生态空间、生态安全的角度探寻到适合的识别陆生生态敏感目标，从鱼类入手开展针对水生生态系统的敏感目标识别与评价的方法，是一种综合性、并考虑人为活动影响的生态敏感性综合分析方法。