本发明提供了一种城轨保护MJS工法桩智能反分析快速反演方法及系统，其首先利用有限差分分析软件建立以群智能优化算法α‑PSO为核心的反分析系统软件；然后根据地勘初始参数给定反分析系统软件的基本参数取值范围；接着通过反分析系统对监测数据的不断优化更新，并不断根据优化更新后的监测数据计算得到岩土体参数，对岩土体参数不断迭代得到岩土体反分析参数；最后根据岩土体反分析参数计算基坑与城轨变形位移。通过群智能优化算法α‑PSO寻优所得的反分析参数，其更能反应岩土体内的复杂地质情况，且能够参与有限差分计算模拟基坑下一步开挖，获取岩土体参数，并预测可能存在的风险，规避施工事故。