本发明提供了一种双超卫星舱间位移传感器一致性判断方法及系统，建立通过位移传感器计算舱间相对位置和相对姿态方程，根据舱间冗余配置的8台位移传感器进行一致性判断，定位发生故障的位移传感器。包括以下步骤：步骤1.建立由相对位置、相对姿态和安装位置计算位移传感器输出的表达式；步骤2.建立6台位移传感器计算相对位置和相对姿态的矩阵表达式；步骤3.计算在四种不同组合情况利用6台位移传感器得到的相对位置和相对姿态，计算得到冗余位移传感器的输出计算值；步骤4.计算不同组合情况下冗余传感器计算值和实测值的差值，进行一致性判断。本发明解决了双超卫星在舱间配置8台位移传感器情况下，利用冗余2台传感器进行一致性判断问题。