本发明涉及一种纸质文件智能回收管控方法和系统，属于信息安全技术领域，解决了现有技术中文件扫描不灵活，同一批文件处理方式单一，暂存仓和回收仓可打开，需人工清理已回收文件，存在信息泄露隐患的问题。包括：获取并验证用户信息；基于扫描选择信息对输入口内放置的至少1份文件进行扫描，将扫描后的文件置于暂存仓或输出口；基于关联信息中文件处理建议将暂存仓中文件撤销到输出口、存放到回收仓或传送到粉碎仓销毁；基于预设条件对回收仓中的文件进行二次销毁判断，分拣机构将符合二次销毁条件的文件传送到粉碎仓。实现了多份文件的扫描控制和多样化处理，通过一体化、自动化的方法流程减少人力和物力，达到封闭管理，提高安全可靠性。