本发明提供了一种烷基化壳聚糖止血微胶囊的制备方法，包括以下步骤：提供包括长链烷基化壳聚糖和葡聚糖的混合溶液作为分散相；将所述分散相经过高压电场微流控喷入凝固浴中，形成微胶囊，所述凝固浴包括阴离子聚合物、聚乙二醇和碱性化合物；将所述微胶囊在戊二醛溶液中孵育后冷冻干燥，得到烷基化壳聚糖止血微胶囊。本发明以长链烷基化壳聚糖为原料，长碳链与细胞膜的磷脂双分子层极性相近，可以嵌入细胞膜中，形成壳聚糖‑血细胞凝胶网络结构，增强了壳聚糖的止血效果。而且，使用微流控技术以阴离子聚合物作为辅料，得到的烷基化壳聚糖止血胶囊尺寸大小均匀。