本发明公开一种壳聚糖包埋海藻酸钙微胶囊的制备方法及镜检方法，该制备方法包括将预设配比的活性微生物与生物染色剂混合获得染色后活性微生物液；将预设配比的可溶性海藻酸盐、可溶性碳酸盐、可溶性钙盐、水及染色后乳酸菌液混合进行一次包埋获得染色海藻酸钙微胶囊颗粒；将获得的染色海藻酸钙微胶囊颗粒加入至壳聚糖溶液获得二次包埋的壳聚糖包埋海藻酸钙微胶囊；相较于现有方法所制备的壳聚糖包埋海藻酸钙微胶囊对样品形态及设备要求较高的现状，该制备方法所制备的壳聚糖包埋海藻酸钙微胶囊具有一定显色效果，在光学显微镜下即可被清晰地观察到，镜检样品形态要求低，镜检设备成本低，镜检过程快速便捷，镜检结果准确。