本发明属于切削加工技术领域，提出一种线切割加工金属基蜂窝材料的柔性固持系统及方法。固持系统包括伺服电机、联轴器、水平螺杆支撑板、支撑板连接螺栓、水平导轨支架、垂直导轨支架、支撑柱、滑块、垂直螺杆支撑板、伺服电机托架、辅助支撑板、金属基蜂窝工件、垂直螺杆、机床固定螺栓、上水平螺杆、下水平螺杆、轴承和弹簧垫片；该固持系统适用于多种规格尺寸、多种芯格形状的金属基蜂窝材料的线切割加工；该柔性固持方案分为水平支撑和垂直支撑，可以根据加工过程中的固持能力调节固持力的大小，保证加工过程中的固持可靠性。本发明结构简单、定位可靠、适用范围广、固持力可控可测，为金属基蜂窝材料的线切割加工固持提供了有效的解决方法。