本发明公开了一种基于集员辨识的电子轴凹印机套色控制方法、系统及介质，该方法包括：获取实际测量误差，并将实际测量误差与基础模型仿真结果做差值得到第一残差；其中，基础模型为套色误差与控制量之间的关系模型；根据实际控制量在预设残差模型集合中辨识出预设残差与第一残差的差值最小的预设残差模型，并确定预设残差模型中的参数数值；其中，预设残差模型为预设残差与控制量之间的关系模型；根据基础模型及预设残差模型确定套色控制模型；获取套色误差，并根据套色控制模型控制印刷版辊按照模型控制量进行运行。本发明实施例能够进一步减小套色误差，使得模型结果更接近实际结果，可广泛应用于印刷控制领域。