本发明公开了一种电子轴凹印机套色控制方法、系统、装置及存储介质，该方法包括步骤：依次获取从第2色组开始的各色组与第1色组的套色误差；若套色误差大于0，根据预设的套色误差与印刷版辊角速度变化量的数学模型确定印刷版辊的角速度，并通过电子轴凹印机的伺服电机控制印刷版辊按照所述角速度进行运行；其中，套色误差与印刷版辊角速度变化量的数学模型根据第i个色组印刷结果与第1个色组的套色误差、第i个色组控制量、第j色的控制量与第i个色组误差的传递函数和第j个色组控制量建立。本发明实施可以提高稳速印刷过程中的响应速度慢、套色精度不高和建模困难的技术问题；可广泛应用于印刷控制领域。