本发明公开了一种融合多尺度模块结构信息的致病基因识别方法及系统，通过基于模块度优化的多尺度模块识别算法提取多尺度模块划分；对于每个尺度的模块划分，计算模块的疾病相关性分值和基因的疾病相关性分值，并获得基因的排序列表；基于朴素贝叶斯理论，计算来自多尺度模块划分的基因排序列表的聚合分值列表和对应的基因排序列表；将基于多尺度模块结构的基因排序列表和基于网络随机游走的基因排序列表融合以得到最终的综合的基因分值列表，并计算得到最终的基因排序列表，从而识别致病基因。本发明的方法通过网络多尺度模块挖掘，能够有效地利用隐藏在网络多尺度模块结构中的信息，从而获得更强的识别致病基因的能力。