本发明涉及一种水运列车系统，该系统包括：隧道部分：由在竖直方向连通的上层隧道和下层隧道，在下层隧道内搭建有装卸货物站台和水运通道；运载部分：设置在下层隧道内，包括列车和连接机构，所述的列车由漂浮在水运通道行驶的气垫、设置在气垫上的简易车体以及与驱动部分连接的连接机构构成；驱动部分：设置在上层隧道内，由主驱动子系统、第一辅助驱动子系统和第二辅助驱动子系统组成，用以为列车提供动力。与现有技术相比，本发明具有充分利用地形和周边资源、方便灵活、安全可靠污染少、运输效率可调等优点。