本发明公开了一种瓜蒌籽加工用籽瓤分离装置，包括蓄水池，所述蓄水池的竖直上方设置有原料箱，所述蓄水池和原料箱的底部均设置有支撑架，所述原料箱的底部一侧设置有分离管，所述原料箱和分离管的底部外侧分别固定连接有轨道箱一和轨道箱二，所述轨道箱二的底部与蓄水池的内壁之间设置有支撑柱，所述轨道箱一和轨道箱二的竖直一侧均为开口型结构且朝向相同，且轨道箱一和轨道箱二内分别滑动连接有取料块一和取料块二，所述分离管的一侧设置有电机安装座。本发明通过各个部件之间的相互协作，实现了瓜蒌籽和瓤皮的分离，效果好，效率高，节省了人力，设计巧妙，结构精简，降低了耗水量，满足了人们在生产生活中的使用需求。