本发明公开了一种苦荞黄酮的提取方法，包括如下步骤：将苦荞种子进行干燥、粉碎，得到苦荞粉；将苦荞粉与固定化酶进行混合，得到混合物料，其中，固定化酶包括纤维素酶、果胶酶和半纤维素酶；将混合物料置于有机溶液中进行萃取、过滤，收集滤液；将滤液进行蒸发浓缩、离心、干燥，得到苦荞黄酮；本发明提取方法通过固定化酶的添加，能够破坏苦荞种子中纤维素以及果胶，能够促进苦荞中黄酮的析出，同时避免果胶粘液的包裹而抑制有效成分的提取；此外，本发明通过对固定化酶的种类、用量以及萃取温度的限定，显著提高了苦荞黄酮的提取率。