本发明公开了一种兼容微流控芯片的数字扫描光片显微成像系统，包括：倒置显微镜探测单元；错层支撑单元，包括跨越倒置显微镜探测单元二维平移台设置的高位支撑架、以及设置于倒置显微镜一侧的低位支撑架；样品扫描单元，穿过错层支撑单元的高位支撑架与倒置显微镜探测单元的二维平移台固定，用于固定微流控芯片样品并带动微流控样品沿Z轴方向作扫描运动；数字扫描光片照明单元，包括照明物镜、以及数字扫描光片形成元件组。本发明通过倒置显微镜和错层支撑装置，利用倒置显微镜作为探测光路，克服了空间局促的问题，实现对自由运动活体生物的长时间、大视野、高速、高分辨、高通量的三维成像。