本发明属于电子测量技术领域，具体涉及面向高频交变磁场的金刚石NV色心磁力仪频率测量方法。本发明针对脉冲操控速度的限制，采用将硬件上的限制转化为软件实现的方式，利用在相位积累为零时的时刻为交变磁场周期整数倍这一原理，将问题转化为一个求解有整数约束的优化模型；然后运用搜索算法对其中一个未知量进行赋值，有效解决未知量个数比方程个数多的问题，最终通过待测磁场的最小正周期得出待测交变磁场的频率。相比现有技术，本发明具有高普适性，可用于任意频率的交变磁场测量；耗时短，在几十毫秒的量级；可用于地磁场的精确测量，并在空间磁测、资源勘探、军事探潜以及地磁匹配导航都具有极重要的意义。