基于果蝇优化算法的故障后录波数据同步方法，根据对称分量法分解三相电流，得到故障前、后零序电流；循环判断故障后零序电流的最小值是否大于保护启动阈值；采用小波分解对相电流突变点进行分析，判断是仅故障相存在突变点还是三相均存在突变点，若是仅故障相存在突变，则进行精细同步；否则进行粗略同步；利用粗略同步求得的同步误差，将三相电流同步误差控制在一周波以内，进行精细同步；确定系统三相电流稳态函数并构建目标函数，将非同步的三相电流导入构建的目标函数，并将目标函数导入组合的果蝇优化算法，寻优稳态信号的同步误差，完成精细同步。本发明方法使用组合多种优化方法，结合果蝇优化算法提高录波数据同步的准确性，解决了故障后暂态信息数据不同步的问题。