本发明公开了一种双电机联合驱动系统的双电机控制系统和控制方法，采用多内核的单处理器的双电机控制系统分别控制两个不同特性的电机运行，节省通讯、存储、外围电路等资源，降低因通讯时差可能导致的电机响应速度不一，不能有效协调配合的影响，同时实现了轻量化、低成本、高可靠性。并且三个核心根据任务性质执行不同任务以优化分工提高运行效率。内核1接收整车需求转矩命令，并根据两电机不同的特性和数据，实时优化转矩分配并由内核2和内核3分别对两个电机进行矢量控制输出相应转矩，根据路况动态调整协态变量适用于各种路况，实时优化转矩分配，使控制器及双电机耦合驱动系统损耗最小以达到高效运行。