本发明涉及提供一种图像特征点匹配的误匹配剔除方法及系统，根据第一图像对应的第一特征点集及其空间域特征描述符，以及第二图像对应的第二特征点集及其空间域特征描述符，利用最近邻方法得到第一图像和第二图像匹配时的初始匹配集合，并计算每一第一特征点的频谱域特征描述符和每一第二特征点的频谱域特征描述符，利用最近邻方法获取多个种子点。然后根据初始匹配集合，在距离约束下确定每一种子点对应的种子点邻域，最后对于每一种子点邻域，利用自适应局部仿射验证方法对种子点邻域内的匹配进行筛选，得到剔除后匹配集合，本发明同时使用频谱域和空间域信息选取种子点，增加了图像全局结构信息，简化了邻域选择，提高了剔除误匹配的精度。