本申请涉及一种燃料电池催化剂层微观结构生成方法及系统。该系统包括：获取燃料电池催化剂层微观结构中铂碳的质量比，并转换为体积比，燃料电池催化剂层微观结构包括内核和外层，内核包括碳载体和设置在碳载体上的铂金颗粒，外层包括覆盖在碳载体上不同区域的离聚物和非离聚物；根据体积比，确定铂金颗粒在碳载体上的分布数量，形成内核的几何模型。确定外层的厚度，并在内核的几何模型上形成外层的几何模型；确定离聚物在碳载体上的覆盖率和分布区域数量，并修改外层的几何模型，得到燃料电池催化剂层微观结构的几何模型。使用该几何模型进行仿真实验，能够使实验结果与实际结构更加相近，实验结果更准确。