本发明涉及一种页岩CT图像裁剪方法及系统，先对页岩样品进行CT扫描，得到多张切片图像。然后利用矩形掩膜对每一切片图像进行粗剪，得到粗剪后图像，再基于形态学闭合方法生成裁剪掩膜，并利用裁剪掩膜对每一粗剪后图像进行裁剪，得到裁剪后图像，能够将位于样品边界的裂缝断点通过形态学闭合方法自动连接为连续边界，为后续形成裁剪掩膜省去人工连接时间。最后根据所有裁剪后图像和所有切片图像判断是否需要继续裁剪，当不再需要继续裁剪时，即可得到与真实页岩样品形状最近似的裁剪后图像。本发明裁剪精准度高，能够保留更多位于样品边界的数据，降低后续样品分析的误差。