本发明提供一种对称不均等的负叠合比例阀控非对称缸系统的控制方法，包括以下步骤：获取基于模型变换的对称不均等的负叠合比例阀控非对称缸系统的输入信号；对输入信号进行补偿得到补偿后的输入信号，具体是：获取该系统在零速状态时的输入信号；基于零速状态时的输入信号获取对称不均等的负叠合比例阀控非对称缸系统的补偿信号；结合输入信号和补偿信号获得补偿后的输入信号。应用本发明的技术方案，推导了对称不均等负叠合的阀控非对称缸系统理论零点模型，在阀控非对称缸系统的模型变换控制基础上提出了零点在线补偿控制方法，使得阀控非对称缸系统的响应对称，且消除了零点偏移导致的稳态误差，有效提高比例阀控非对称缸系统的控制精度。