本发明提出一种多通道数控系统中的同步控制方法，其特征在于，包括通道间同步控制步骤和运动轴同步控制步骤；其中，通道间同步控制步骤包括定义用于等待识别的代码指令M，代码指令M中包括有地址符P；当检测到代码指令M时，将各代码指令M中的地址符P值相加获得判断值，由该判断值唯一指向需等待的通道编号集；运动轴同步控制步骤包括设定有主动轴以及与该主动轴保持同步的若干个从动轴，对该主动轴设定移动命令，将同步将移动命令转发至从动轴，从而令该从动轴与主动轴保持同步。本发明通过通道等待同步及轴同步控制，设计简单且有效地提高了多通道多轴联动的复合加工机床效率，具有较佳的技术性与实用性，适合推广应用。