本发明公开了基于体素结构和Mike模型的航道窗口期分析方法，包括以下步骤：S1、在水下沙坝处的河口处修建双导堤，并开挖有航道；S2、构建出航道以及航道辐射范围底部的地貌三维模型，定量分析出航道以及航道辐射范围底部中悬沙浓度、泥沙的高度以及潮流流速；S3、不同季节与悬沙同步观测的潮流和波浪数据并结合前后15年风场和海场浪的资料，解析不同季节悬沙所处动力环境的时空分布特征；S4、将地貌三维模型整合到平面二维潮流、波浪泥沙并耦合数学模型，通过模拟不同动力因子对悬沙分布，以现场观测和数值模拟相结合的研究手段，分析并预测出一段时间内航道辐射范围处的潮流大小、流速以及航道内的水深，进而预测出航道窗口期。