本发明提供了一种富营养化水体中土著微生物活化引导的水体生态修复方法，该方法是在中度、重度富营养化水体中利用微生物活化剂激活水体中的土著微生物，活化后的微生物具有高效的脱氮除磷及控藻能力，迅速提高水质及透明度，为沉水植物营造良好的生长条件，进而逐步恢复水体的水生动植物等生态系统成分，最终实现水体的生态健康构建，并保持一定的稳定性和抗逆性。该方法克服了河道湖泊等富营养化水体中建设初期透明度不足、营养盐含量过高、藻类过度增值等因素造成的生态系统恢复条件不足的难题，为中度、重度地表水环境生态系统的恢复提供一种环保、高效、经济的治理方法。