本发明公开一种船用燃料电池顶推船‑驳船混合动力系统及其控制方法，系统分为顶推船部分和驳船部分，顶推船上的直流母线通过快速插头与驳船上的直流母线连接。顶推船的燃料电池系统产生的电能经过第一DC/DC变换器后接入直流母线；顶推船上的直流母线分别与第一锂电池、第一逆变器和第二逆变器连接；第一逆变器与第一生活负载连接；第二逆变器与电机和推进器连接。驳船上的直流母线分别与第二DC/DC和第三逆变器连接，第三逆变器与第二生活负载连接。本发明系统实现了燃料电池系统与驳船中乘客、货物的分离，能够提升安全性，同时应用多种模式的相互切换，既能实现节能减排，又能提升在紧急情况下的应急能力。