本发明提供一种酶法制备透明质酸寡聚糖的方法，所述方法包括以下步骤：配制透明质酸溶液，将透明质酸酶加入所述透明质酸溶液进行反应得到透明质酸寡聚糖，其中所述透明质酸酶的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明具有以下有益效果：首先，本发明获得的透明质酸寡聚糖的还原端为N‑乙酰氨基葡萄糖，为学术界研究透明质酸寡聚糖的构效关系奠定了基础；其次，本发明反应条件极其简单，对仪器设备无要求，在常温常压下即可实施，无任何污染废弃物产生；最后，本发明的反应体系为醋酸‑醋酸钠缓冲液，经过后续简单的去蛋白、纳滤除盐，喷雾干燥工艺即可获得高纯度的透明质酸寡聚糖，在护肤品、保健品及寡糖药物等领域具有潜在而广泛的应用价值。