本发明公开了一种酶法催化高酸价油脂制备生物柴油的方法，属于油脂化工技术领域。首先采用固定化甘油三酯脂肪酶在甲醇远过量的情况下催化高酸价油脂甲酯化，反应平衡后，回收甘油三酯脂肪酶、甲醇和油相产物；随后，采用固定化偏甘油酯脂肪酶继续催化上述油相产物甲酯化，可快速将上述产物中未反应的偏甘油酯转化为脂肪酸甲酯，反应平衡后，收集固定化酶、甲醇和终产物。该方法操作简单，成本低廉，脂肪酸甲酯生成速率和产量大大提升；且所用甘油三酯脂肪酶和固定化偏甘油酯脂肪酶可多次回收利用，具有良好的经济效益。