本发明公开了一种治疗仔猪腹泻及改善其肠道菌群的发酵中药口服液，其是将1~1.5kg中药组合物、0.8~1.2L复合益生菌菌液、0.5~1kg红糖、0.3~0.6kg杨树花混合均匀，调节含水量为55~65%，在37℃密封发酵6~8天完成中药发酵，制作中药提取液时，向发酵中药中继续添加0.8~1.2L复合益生菌菌液、0.5~0.7L去离子水，混匀后在23~26℃静置浸泡提取24~30h，静置浸泡期间不定期搅拌，再用滤网过滤除去滤渣即得发酵中药口服液；本发明发酵中药口服液充分发挥了益生菌、中药及其发酵产物的功效，能显著治疗仔猪腹泻，改善仔猪肠道菌群，减少饲用抗生素滥用导致的细菌耐药性、抗生素药物残留，保障食品生产安全；本发明发酵中药口服液制备方法简单，适于工业化生产和市场推广应用。