本发明属于生物防治技术领域，公开了一种当归根腐病生物防治剂、制备方法及应用，当归根腐病生物防治剂由运动芽孢杆菌D1TB‑5和里氏木霉D1TF‑16组成。本发明的微生物菌剂可以有效抑制当归根腐病原菌的生长，同时对当归具有促生效应，菌剂的制备方法简捷，便于操作使用，适合甘肃省当归种植区应用。本发明微生物菌剂为环境友好型，不污染环境，不仅可以降解化学农药残留，改善土壤质量，还可以将作物不易吸收的无机微量元素转化成易吸收的有机微量元素，同时抑制土传病原菌生长，缓解作物病害发生。本发明微生物菌剂采用细菌和真菌复配而成，两种微生物协同作用，共同抑制病原微生物生长，旨在有效的防治当归根腐病的发生。