本申请涉及一种文件签署方法和系统。该方法包括：客户端将接收到的目标文件标识和签署人的账号信息传输至云服务端；云服务端根据签署人的账号信息，获取认证信息，并根据目标文件标识和认证信息生成签署指令，将签署指令传输至签署服务端；签署服务端对签署指令进行解析，得到目标文件标识以及签署信息；签署服务端根据目标文件标识，从存储服务端中已存储的多个转档存储文件中，调取相应的目标转档存储文件；签署服务端将印章图片合成到目标转档存储文件中对应的印章位置处，得到初始签署文件；签署服务端根据初始签署文件和证书信息，进行签名值的计算，并将计算得到的签名值添加到初始签署文件中，得到目标签署文件。