本申请公开了一种电子合同签署方法及系统，涉及电子合同签署技术领域，电子合同签署方法包括以下步骤：基于接收端签署者的数字证书和会话证书加密随机数生成第二密文，打包媒体消息的签名、第一密文和第二密文生成加密消息。基于本地数字证书和会话证书加密随机数生成第三密文，将第三密文和加密消息传输至存证服务器，加密消息同时传输至媒体服务器，媒体服务器接收并转发加密消息至接收端签署者。有益效果在于存证服务器或媒体服务器均无法了解合同签署过程中的各类敏感信息，即使对第三密文和加密消息等存证信息进行了不合理的分享也不会泄露敏感信息，因此该合同签署及存证流程的机密性较好，安全性高。