本发明一种考虑外部威胁的船舶综合电力系统的重构方法，包括：步骤1：检测外部威胁；步骤2：协调器向子系统发送消除威胁所需的命令；步骤3：每个子系统控制器将检查该命令是否违反操作约束，若不违反则执行步骤6；步骤4：如果存在任何违反约束的情况，子系统需要找到一个替代的最优重构序列并将其发送给协调器；步骤5：协调器接收来自子系统的所有请求，并找到最佳解决方案，然后将其发送给子系统；步骤6：局部控制器接受协调器发出的命令。本发明能够有效避免单点失效问题，有着更加高效、稳健、快速等优点，双层重构框架策略能够承担更多的负载，能够最大限度地减少外部威胁对系统的影响并同时保持系统性能。