本发明提供一种肠镜操作技能智能辅助评估系统，属于医工结合领域。所述系统包括：获取模块，用于获取操作者在内镜仿真模拟训练系统上进行肠镜操作的小样本眼动数据；构建模块，用于根据获取到的眼动数据，提取肠镜操作过程中学习者和临床医师两类群体的时空眼动特征；鉴别模块，用于建立基于元学习、长短期记忆神经网络和全卷积神经网络的三种眼动特征学习模型，利用构建的时空眼动特征对构建的三种眼动特征学习模型进行训练，实现操作者肠镜操作技能的分类鉴别；评估模块，用于将三种眼动特征学习模型所得到的技能鉴别结果进行集成评价得到最终的肠镜操作技能评估结果。采用本发明，能够实现操作者肠镜操作技能的智能、精准评估。