本发明公开了一种甜菜糖脱钙系统，包括：生产区包括多根并联设置的离子交换树脂柱；冷却反洗区包括从生产区切换来的失效离子交换树脂柱；再生区包括从冷却反洗区切换来的离子交换树脂柱，NaOH软化稀汁对反洗完成的离子交换树脂柱中的树脂进行再生；淋洗和预热区包括从再生区切换来的离子交换树脂柱，软化稀汁对离子交换树脂柱中的树脂进行淋洗和预热。通过本发明的甜菜糖稀汁软化方法获得的软化稀汁进入后续蒸发器等工序后，减少了蒸发器、结晶煮糖设备的结垢现象，不再因为要对蒸发器等设备进行除垢而停止生产，实现了甜菜糖的连续生产，节省人工费用。同时也延长了蒸发器和结晶煮糖设备的使用寿命。