提供一种能够进行适用于各个船舶的海上运用的主机的最优的控制的主机控制系统。主机控制系统具备：进行用于对船舶的主机进行控制的运算处理的运算单元；及基于作为所述主机的控制用数据和所述主机的监视用数据的至少一个的分析用数据，对所述主机的运转状态进行分析并支持所述主机的控制的分析单元。所述分析单元具有：设定有对所述主机进行模拟的第一数学模型，用所述第一数学模型处理所述分析用数据，从而导出用于支持所述主机的控制的控制支持参数的第一处理区域；及设定有第二数学模型，基于沿着时序积累的所述分析用数据，与所述主机的控制独立地执行所述第二数学模型的测试处理的第二处理区域，所述第二数学模型是作为所述第一数学模型被应用的数学模型的候补。