公开了一种用于产生疏水性物质的重组微生物，所述重组微生物经历细胞膜工程化，以便赋予细胞膜面积增加、外膜囊泡的形成和分泌增加、内膜囊泡的形成增加中的至少一种特征；以及用于制备所述疏水性物质的细胞膜工程化方法，由此可以高效产生不溶性疏水性物质，用于高效产生类胡萝卜素或紫色杆菌素类似物的重组微生物可用于产生天然色素、抗氧化剂、抗生素、化妆品添加剂、抗癌剂、食品添加剂或营养补充剂，并且本文开发的天然色素产生技术实现了产生能力的很大提高。因此，本发明在制备用于高效产生多种工业和医学上有用的代谢物的重组菌株和建立高效的制备方法方面是有效的。