本发明提供了一种基于ATP酶染色的肌纤维细胞图像分类识别方法及系统，该方法收集满足形态完整要求的肌纤维组织后按照设定的冷冻操作处理，进而对肌纤维组织切片进行ATP酶染色作为用于识别的肌纤维细胞图像，借助预先构建的基础分类模型提取出肌纤维细胞图像中I型细胞，针对排除I型细胞干扰后的细胞图像进行自动化质控处理，分割细胞间连接关系并剔除冰晶的干扰，进而结合色彩空间描述技术和样本聚类方法将II型细胞进行细化分类。采用上述方案，克服了现有肌纤维细胞识别技术操作繁杂、精确度不足的问题，采用少量的训练样本构建分类模型后即可实现自动化的基础分类，配合细胞图像处理以及聚类运算识别，提高了肌纤维细胞识别的精确度和效率。