本发明涉及一种协议模糊测试方法及系统。所述方法包括：根据测试目标的功能采集与所述测试目标通信的数据包并按不同功能进行排列组合，生成各个功能对应的数据包组合；对每个数据包组合中随机抽取的预设数量的字节进行变异，生成变异后的数据包组合；将变异后的数据包组合发送至测试目标，提取造成测试目标故障的变异后的数据包并编写成脚本文件；将脚本文件发送至测试目标，检测测试目标是否发生故障；若是，则确定造成测试目标故障的变异后的数据包为潜在漏洞数据包。本发明方法为一种新的针对协议的测试流程，通过数据包组合对协议从渗透测试的维度进行模糊测试，扩展了测试用例生成的维度，增加了漏洞发现的概率。