本发明公开了一种两癌筛查质控方法及其系统，属于医疗行业信息化领域，一种两癌筛查质控方法及其系统，包括有以下步骤：对待筛查女性进行宣传动员；经待筛查女性同意后，进行登记，反馈至一级医院；在一级医院对待筛查女性进行盆腔检查及阴道分泌物湿片显微镜检查/革兰染色检查，并对宫颈巴氏细胞进行取材、涂片、固定，然后将待筛查女性的宫颈巴氏细胞移交至二级医院；由二级医院对待筛查女性的宫颈巴氏细胞进行检测，并出具待筛查女性的宫颈巴氏细胞涂片染色及TBS描述性或巴氏分级报告，它可以实现，提升工作效率和工作质量，实现各层级医院、各工作部门的工作协同配合，实现数据收集整理，保证数据安全，提供调研条件。