本发明公开了一种航天器综合电子系统构建方法及装置，所述方法包括：确定航天器综合电子系统包含的功能模块，以及每个所述功能模块对应功能或接口数量；构建各所述功能模块之间的接口规范；确定航天器包含的综合电子单元的数量和每台所述综合电子单元的功能范围；对各所述综合电子单元的功能范围和功能模块进行迭代；根据当前的功能与接口数量需求，选取目标功能模块组合成各分区的综合电子单元，构成航天器综合电子系统。本发明公开的航天器综合电子系统构建方法，所构建的航天器综合电子系统功能集成度高、资源复用度高、通用化程度好以及对需求应变能力强。