本发明实施例提供一种恶意应用检测方法、装置、设备、存储介质和程序。该恶意应用检测方法包括：对应用程序的多个特征进行编码，得到各个特征的第一编码；将各个特征的第一编码输入训练后的编码模型，得到应用程序的第二编码；根据应用程序的第二编码以及训练后的检测模型，获取检测结果，检测结果用于表示应用程序是否为恶意应用；其中，编码模型是由特征编码样本和解码模型训练得到的，解码模型用于基于输入的中间编码得到重构后的特征编码样本；中间编码是编码模型基于特征编码样本得到的。上述方案能够处理经过混淆的恶意应用，降低检测过程中的误报率和漏报率，准确性较高。