一种多滤层循环井系统及工作模式，包括循环井主井、分层抽水装置、地面管汇和阀门，循环井主井为多层结构，包括钻孔、围填层、井管以及各含水层注入管，围填层位于钻孔和井管的环状间隙，井管包括沉淀管、井壁管和滤水管，沉淀管的上方连滤水管，滤水管与井壁管间隔相连，滤水管对应砾料含水层，井壁管对应止水层；向井管与钻孔环状间隙下入若干注入管，注入管的末端对应砾料含水层，注入管的上端设分阀门，各注入管与地面管汇连接，在相邻的注入管之间的地面管汇的环形管路上设主阀门；分层抽水装置插入井管孔腔，包括多组封隔器、潜水泵和抽水管，封隔器与抽水管连接，潜水泵连在抽水管末端，封隔器安在井壁管位置，潜水泵位于滤水管位置。