本发明公开了一种基于病案的实时智能辅助ICD编码方法及系统，包括以下步骤：步骤S1、基于历史病案数据构建出表征病案数据和病种名称的非线性映射关系的第一映射模型；步骤S2、构建出表征病种名称和ICD编码的线性映射关系的第二映射模型，以及构建出表征病案数据和ICD编码的非线性关系的第三映射模型；步骤S3、将实时病案数据与历史病案数据进行偏离度比较，并在偏离度超阈值情况下利用第三映射模型输出实时病案数据的ICD编码以实现对实时病案数据的重编码。本发明将病案数据具象为数学函数进行表达，在此基础上构建的第一映射模型训练和运算从离散数据点转化为函数形式，训练速度以及运算效率都得以提高。