本发明提供一种脊柱三维模型的重构方法及系统，涉及医学图像处理技术领域，包括：采集一患者的脊柱正面图像和脊柱侧面图像，并根据所述脊柱正面图像和所述脊柱侧面图像处理得到所述患者的脊柱中每节椎骨的三维体素模型以及每节所述椎骨包含的预设的多个椎骨特征点在一脊柱形状坐标系中的三维坐标；根据对应的各所述三维坐标分别处理得到每节椎骨的旋转角度，并根据所述三维体素模型、各所述三维坐标以及各所述旋转角度生成所述患者的脊柱三维模型。有益效果是不需要人工参与，能够有效避免人工参与过多带来的标记、计算误差等问题，能够较为精确的还原患者真实的椎骨三维模型和脊柱形状。