本发明提供了一种基于隐式可变形模型的心血管影像重构方法及系统，所述方法包括：获取人体心脏三维影像，并利用心脏三维影像的参数构造嵌函数偏微分方程；采用快速推进法和碰撞向前法相结合的方式，分别初始化心血管主动脉影像和冠状动脉影像，并进行膨胀、光滑以及对流处理，求解所述嵌函数偏微分方程，得到重构后的心血管三维影像；再利用行进方块法对所述重构后的心血管三维影像进行处理，得到心血管三维模型。所述方法及系统解决了目前的心血管影像重构方法普遍存在的计算稳定性较差的问题，实现了在保证计算结果稳定性的前提下，快速准确地分割出所需要区域，操作简单，便于后续进行计算流体力学分析等。