本发明公开了一种鱼类栖息地生态修复体系构建方法及系统，其中方法包括确定目标干流河段鱼类的优势种群，将优势种群作为焦点物种；根据焦点物种的生活习性、可行有效扩散距离和目标干流河段水文、地貌学信息，确定焦点物种的栖息地及其优先排序和功能类型；根据每个栖息地的生境参数、优先排序和功能类型确定待修复的栖息地；构建待修复的栖息地的场景推演模型，根据场景推演模型确定待修复的生境影响因子。本发明由于考虑了河道鱼类生境的水陆交错区、时空动态性和工程实践性，因此其生态修复的修复效果佳且效率高，节约了人力资源；同时，其提高了河道管理与鱼类生境保护的现势性和精准性，并降低了管护成本，应用范围广、应用效果较好。