本发明提供一种三维形状设计系统及三维形状设计方法，其能够使各设计者的研究部分独立而施加变更。三维形状设计系统是由多个设计者对同一三维模型进行并行建模的系统。三维形状设计系统包括：复制部，其根据各设计者的输入，确定作为三维模型的一部分的研究对象部分，并复制研究对象部分的形状信息和坐标信息；变更部，其根据各设计者的输入，变更所复制的形状信息；以及显示控制部，其在显示部上显示三维模型时，将基于变更后的形状信息的形状和三维模型以重叠的方式显示。